Protein–Mineral Interactions: Molecular Dynamics Simulations Capture Importance of Variations in Mineral Surface Composition and Structure

Protein-Mineral Interactions: Molecular Dynamics Simulations Capture Importance of Variations in Mineral Surface Composition and Structure.

Molecular dynamics simulations, conventional and metadynamics, were performed to determine the interaction of model protein Gb1 over kaolinite (001), Na(+)-montmorillonite (001), Ca(2+)-montmorillonite (001), goethite (100), and Na(+)-birnessite (001) mineral surfaces. Gb1, a small (56 residue) protein with a well-characterized solution-state nuclear magnetic resonance (NMR) structure and havin...

the study of bright and surface discrete cavity solitons dynamics in saturable nonlinear media

امروزه سالیتون ها بعنوان امواج جایگزیده ای که تحت شرایط خاص بدون تغییر شکل در محیط منتشر می-شوند، زمینه مطالعات گسترده ای در حوزه اپتیک غیرخطی هستند. در این راستا توجه به پدیده پراش گسسته، که بعنوان عامل پهن شدگی باریکه نوری در آرایه ای از موجبرهای جفت شده، ظاهر می گردد، ضروری است، زیرا سالیتون های گسسته از خنثی شدن پراش گسسته در این سیستم ها بوسیله عوامل غیرخطی بوجود می آیند. گسستگی سیستم عامل...

Molecular dynamics simulations for plasma-surface interactions

Structure, dynamics and stability of water/scCO2/mineral interfaces from ab initio molecular dynamics simulations

The boundary layer at solid-liquid interfaces is a unique reaction environment that poses significant scientific challenges to characterize and understand by experimentation alone. Using ab initio molecular dynamics (AIMD) methods, we report on the structure and dynamics of boundary layer formation, cation mobilization and carbonation under geologic carbon sequestration scenarios (T = 323 K and...

Long Range Corrections to the Vapor-Liquid Equilibrium and Surface Tension of Methane with NVT Molecular Dynamics Simulations